Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế đã ký Quyết định số 746/QĐ-TCT ngày 20/4/2015 ban hành Quy trình kiểm tra thuế; Quyết định có hiệu lực kể từ ngày ký và thay thế Quyết định số 528/QĐ-TCT ngày 29/5/2008.
Theo đó, Quy trình quy định về trình tự, thủ tục thực hiện công việc kiểm tra thuế trong các trường hợp: Kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế; Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trong trường hợp người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo thông báo của cơ quan thuế; không khai bổ sung hồ sơ thuế hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng; hoặc cơ quan thuế không đủ căn cứ để ấn định số thuế phải nộp (còn gọi là kiểm tra từ hồ sơ khai thuế);
Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với trường hợp qua phân tích, đánh giá việc chấp hành pháp luật thuế của người nộp thuế xác định có dấu hiệu vi phạm pháp luật (còn gọi là kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm);
Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với các trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế sau và kiểm tra sau hoàn thuế theo quy định (còn gọi là kiểm tra hoàn thuế);
Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với các trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề do thủ trưởng cơ quan quản lý thuế cấp trên quyết định (còn gọi là kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề);
Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với người nộp thuế chia tách, sáp nhập, hợp nhất, giải thể, phá sản, cổ phần hóa, đóng mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh và các trường hợp kiểm tra đột xuất, kiểm tra theo chỉ đạo của cấp có thẩm quyền (còn gọi là kiểm tra khác).
Quy trình kiểm tra thuế được áp dụng cho Lãnh đạo cơ quan thuế, bộ phận kiểm tra thuế, bộ phận quản lý thuế thu nhập cá nhân, người được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế thuộc cơ quan thuế các cấp; Quy trình này không áp dụng đối với các trường hợp kiểm tra hóa đơn (kiểm tra hóa đơn được thực hiện theo Quyết định số 381/QĐ-TCT ngày 31/3/2011).
Thủ trưởng cơ quan Thuế các cấp tổ chức, triển khai thực hiện kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo quy định của Quy trình này; định kỳ hoặc đột xuất cơ quan thuế cấp trên tổ chức kiểm tra việc thực hiện quy trình của cơ quan thuế cấp dưới và áp dụng các hình thức khen thưởng, kỷ luật theo chế độ quy định.
