Hệ thống pháp lý về thuế tại Việt Nam đang bước vào một giai đoạn chuyển mình lớn với hàng loạt thay đổi mang tính chiến lược. Kể từ ngày 01/07/2026, Luật Quản lý thuế 2025 chính thức có hiệu lực, mang theo những điều chỉnh quan trọng quy định trực tiếp đến nghĩa vụ và hoạt động thanh kiểm tra của doanh nghiệp. Kế Toán Hà Nội xin tổng hợp các trường hợp cơ quan thuế được quyền kiểm tra trực tiếp tại trụ sở, cùng những thay đổi cốt lõi về tiêu chí phân nhóm người nộp thuế và danh mục hành vi bị nghiêm cấm theo quy định mới.
Các trường hợp cơ quan thuế kiểm tra trực tiếp tại trụ sở doanh nghiệp
Khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 đã quy định rõ ràng và minh bạch hơn về phạm vi quyền hạn của cơ quan quản lý. Việc kiểm tra trực tiếp tại văn phòng, trụ sở của người nộp thuế không còn mang tính định tính mà được siết chặt trong 09 trường hợp cụ thể nhằm tối ưu hóa hiệu lực quản lý rủi ro.
Nhóm trường hợp kiểm tra dựa trên hồ sơ hoàn thuế và rủi ro vận hành
Cơ quan thuế sẽ tiến hành kiểm tra trực tiếp đối với các hồ sơ thuộc diện “kiểm tra trước, hoàn thuế sau”. Ngược lại, với những hồ sơ đã được áp dụng nguyên tắc quản lý rủi ro để “hoàn thuế trước, kiểm tra sau”, cơ quan quản lý có quyền thực hiện hậu kiểm tại trụ sở trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ra quyết định hoàn thuế.
Bên cạnh đó, các doanh nghiệp có mức độ rủi ro cao khi thực hiện các bước ngoặt về cấu trúc pháp lý cũng nằm trong tầm ngắm. Cụ thể bao gồm các trường hợp: chia tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi mô hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, ngừng hoạt động, cổ phần hóa, đóng mã số thuế hoặc dịch chuyển địa điểm kinh doanh. Ngoài ra, nhóm hồ sơ xin miễn thuế, giảm thuế hoặc không thu thuế thuộc diện đánh giá rủi ro cao cũng sẽ bị kiểm tra trực tiếp.
Nhóm trường hợp kiểm tra theo kế hoạch, dấu hiệu vi phạm và yêu cầu phối hợp
Thanh tra, kiểm tra theo kế hoạch định kỳ hoặc theo các chuyên đề kiểm tra chuyên sâu vẫn là công cụ quản lý chủ lực của ngành thuế. Tuy nhiên, nếu doanh nghiệp xuất hiện các dấu hiệu nghi vấn vi phạm pháp luật về thuế, hoặc từ chối giải trình/không bổ sung tài liệu hợp lý khi cơ quan thuế yêu cầu (theo điểm b khoản 2 Điều 22), lệnh kiểm tra tại trụ sở sẽ được ban hành.
Quy trình này cũng được kích hoạt khi có yêu cầu, đề nghị từ các cơ quan hoặc người có thẩm quyền trong bộ máy nhà nước, hoặc phát sinh từ thực tế giải quyết các đơn thư khiếu nại, tố cáo liên quan đến nghĩa vụ thuế của đơn vị.
Lưu ý: Đối với diện kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề hoặc nhóm doanh nghiệp rủi ro cao đang thay đổi cấu trúc pháp lý (giải thể, sáp nhập, chuyển địa điểm…), cơ quan thuế chỉ được phép thực hiện kiểm tra tại trụ sở không quá 01 lần trong 01 năm. Quy định giới hạn này không áp dụng cho các trường hợp tái kiểm tra (kiểm tra lại) theo quy định pháp luật.
Quy định về thời hạn kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế
Sự thay đổi từ mốc 01/07/2026 không chỉ nằm ở lý do kiểm tra mà còn chuẩn hóa nghiêm ngặt về mặt thời gian. Điều này giúp doanh nghiệp giảm bớt gánh nặng tâm lý và có mốc thời gian rõ ràng để phối hợp làm việc.
Thời hạn áp dụng cho các doanh nghiệp phổ thông
Thông thường, một cuộc kiểm tra thuế tại trụ sở sẽ kéo dài không quá 20 ngày làm việc kể từ ngày công bố quyết định. Trong các bối cảnh phát sinh tình tiết phức tạp, cơ quan thuế có quyền gia hạn thêm 01 lần, nhưng thời gian gia hạn tuyệt đối không được vượt quá 20 ngày.
Thời hạn áp dụng cho doanh nghiệp có giao dịch liên kết và yếu tố nước ngoài
Đối với các doanh nghiệp có phát sinh giao dịch liên kết (vốn là đối tượng quản lý phức tạp về giá chuyển nhượng), thời hạn kiểm tra tối đa được đẩy lên không quá 40 ngày, và mức gia hạn thêm tối đa cũng là 40 ngày (chỉ gia hạn 01 lần). Đặc biệt, nếu tiến trình kiểm tra bắt buộc phải thu thập, xác minh thông tin thông qua việc trao đổi với các cơ quan quản lý thuế nước ngoài, thời hạn tổng thể có thể kéo dài nhưng kiểm soát nghiêm ngặt ở hạn mức không quá 02 năm.
Mọi thời hạn nêu trên đều được tính toán dựa trên thời gian làm việc thực tế, loại trừ hoàn toàn khoảng thời gian tạm dừng kiểm tra dựa theo văn bản thông báo chính thức từ cơ quan thuế.
Tiêu chí phân nhóm người nộp thuế từ năm 2026
Theo Điều 3 Luật Quản lý thuế 2025, việc phân loại người nộp thuế dựa trên kỹ thuật quản lý rủi ro và chuyển đổi số sẽ dựa trên các thước đo đa chiều, giúp cơ quan quản lý phân bổ nguồn lực thanh tra chính xác hơn.
Phân nhóm theo tính chất hoạt động và loại hình sở hữu
Cơ quan thuế sẽ xem xét kỹ lưỡng ngành nghề kinh doanh, lĩnh vực đặc thù và phương thức vận hành dòng tiền của doanh nghiệp (ví dụ: thương mại điện tử sẽ có cách quản lý khác với sản xuất truyền thống). Cùng với đó, cấu trúc pháp lý (công ty cổ phần, công ty TNHH, doanh nghiệp tư nhân) và cơ cấu sở hữu vốn (vốn FDI, vốn nhà nước, vốn tư nhân) cũng là tiêu chí phân loại cốt lõi.
Phân nhóm theo quy mô và lịch sử tuân thủ pháp luật
Thước đo về quy mô hoạt động, tổng doanh thu hàng năm và tỷ lệ đóng góp số nộp vào ngân sách nhà nước là căn cứ tiếp theo để phân tầng doanh nghiệp. Tuy nhiên, tiêu chí mang tính quyết định đến tần suất “bị kiểm tra” chính là mức độ tuân thủ và lịch sử chấp hành pháp luật thuế của doanh nghiệp trong quá khứ. Doanh nghiệp có lịch sử khai báo sạch, rõ ràng sẽ được xếp vào nhóm rủi ro thấp và ngược lại. Ngoài ra, Bộ trưởng Bộ Tài chính có thể bổ sung các tiêu chí phụ thuộc tùy theo từng giai đoạn kinh tế.
Các hành vi bị nghiêm cấm tuyệt đối trong quản lý thuế
Để xây dựng một môi trường kinh doanh minh bạch, Luật Quản lý thuế mới thiết lập những “lằn ranh đỏ” nghiêm khắc cho cả phía doanh nghiệp lẫn công chức thực thi công vụ.
Nghiêm cấm các hành vi thông đồng, trục lợi và gian lận hồ sơ
Pháp luật cấm mọi hành vi bắt tay, thông đồng, bao che giữa người nộp thuế và cán bộ quản lý thuế nhằm mục đích chuyển giá, trốn thuế hoặc trục lợi bất chính tiền từ ngân sách. Công chức thuế lợi dụng vị trí để làm rò rỉ dữ liệu của doanh nghiệp, làm lệch lạc kết quả thanh tra hoặc sách nhiễu người nộp thuế đều bị xử lý hình sự. Về phía doanh nghiệp, việc cố tình lấp liếm, không kê khai hoặc khai báo thiếu trung thực, không đúng thời hạn về các khoản thuế phải nộp, các khoản được miễn, giảm, hoàn đều là hành vi vi phạm pháp luật nghiêm trọng.
Nghiêm cấm vi phạm về hóa đơn, chứng từ và phá hoại hệ thống thông tin
Doanh nghiệp không được phép sử dụng mã số thuế của đơn vị khác hoặc cho mượn mã số thuế sai mục đích. Hành vi bán hàng, cung ứng dịch vụ không xuất hóa đơn, sử dụng hóa đơn bất hợp pháp để hợp thức hóa chi phí, hay tự ý tạo lập hóa đơn điện tử giả mạo sẽ bị triệt phá nghiêm khắc. Cuối cùng, bất kỳ hành động nào xâm nhập trái phép, phá hoại hệ thống dữ liệu thông tin quản lý thuế, hoặc lan truyền tin tức sai sự thật làm tổn hại đến uy tín của cơ quan thuế hay của chính các doanh nghiệp khác đều bị nghiêm cấm hoàn toàn.
Tổng kết
Việc thấu hiểu tường tận Luật Quản lý thuế 2025 không chỉ giúp doanh nghiệp tránh được các rủi ro pháp lý đáng tiếc mà còn tạo thế chủ động trong việc minh bạch hóa số liệu tài chính. Để vững vàng trước những đợt thanh kiểm tra từ ngày 01/07/2026, các doanh nghiệp cần thực hiện rà soát lại toàn bộ hệ thống chứng từ, hóa đơn ngay từ hôm nay.
Nếu doanh nghiệp của bạn đang gặp khó khăn trong việc thiết lập hệ thống sổ sách chuẩn mực hoặc cần tư vấn sâu hơn về các kịch bản kiểm tra rủi ro thuế, hãy liên hệ ngay với Kế Toán Hà Nội. Chúng tôi luôn sẵn sàng đồng hành, mang đến những giải pháp dịch vụ kế toán trọn gói chuyên nghiệp, giúp tối ưu chi phí và bảo vệ doanh nghiệp an toàn trước mọi kỳ quyết toán thuế.
